Для різних овочів потрібний свій режим зберігання. Зберігати овочі можна в контейнерах і навалом. Для таких овочів, як морква і капуста, рекомендується контейнерне зберігання. В цьому випадку отримують кращі показники за якістю виходу продукції завдяки тому, що овочі краще продуваються, досягається рівномірний розподіл повітря по всьому сховищу. Крім того, зберігання в контейнерах дозволяє вибудувати оптимальну логістику в сховищі з вивантаження овочів і подачі їх на лінії переробки. Крім того, таким чином овочі менше травмуються.
Рекомендована температура зберігання капусти і моркви 0…+1°С за відносної вологості не менше 95%. Картоплю і цибулю допускається зберігати навалом при температурі до +4°С. Для цибулі і часнику визначальними, крім температури, є вологість всередині сховища: в ідеалі вона повинна бути не більше 75%.
Картопля відрізняється за своїм призначенням – є насіннєва, продовольча (столова), а також картопля на переробку (фрі, чіпси). Для кожного виду – свій режим зберігання. Насіннєву зберігають при температурі близько +3°С, столову – +4-5°С, картопля на переробку в залежності від сорту – від +6 до +11°С. Вологість у всіх випадках – 95%. При закладанні в сховища бульби повинні бути абсолютно здоровими, без механічних пошкоджень м’якоті і шкірки, підморожування та інших дефектів. Зберігають картоплю переважно насипом з висотою бурту до 4,5 м. Хороша якість картоплі під час закладання на зберігання в контейнерах обумовлює втрати на 1-3% менше, ніж при навальному способі, переважно через менше здавлювання нижніх шарів картоплі.