Соняшник у період активного росту і розвитку без належної фунгіцидної підтримки залишається вразливим до інфекцій.
Найбільш поширеними хворобами рослини, та кошика зокрема, є фомоз, фомопсис, склеротиніоз, суха гниль, сіра гниль, іржа, біла гниль. Без захисту соняшника ці шкідливі хвороби можуть знищити врожаю від 30 до 70%. Обробки повинні мати тривалу захисну дію, тому що складно передбачити, який рівень інфекційного тиску буде через 2–4 тижні після обробки. Важливо заздалегідь створити надійний бар’єр через системну дію препаратів і максимальне покриття поверхні рослини, щоб блокувати проростання спор. Посіви захищають фунгіцидами Дерозал, к.с., 1,5 л/га, Аканто плюс 28, КС,0,7л/га, Абакус, мк.е. 1,3 л/га та іншими. За необхідності через два тижні проводять повторні обробки.
Під час роботи з пестицидами необхідно суворо дотримуватися правил техніки безпеки.